4 сентября 1918 года митрополит Макарий был расстрелян за "организацию белогвардейского восстания". Один из красноармейцев, который служил под Смоленском, вспоминал, как это было.
Приговорённых к смертной казни было полтора десятка. И лишь один привлёк к себе внимание: не то священник, не то монах. Когда солдат понял, что перед ним духовное лицо, у него "сердце так и захолонуло, страшно стало".
Проходя мимо своего палача, заключённый остановился и благословил его. Красноармеец не мог понять, откуда священнику известно о его колебаниях и смущении.
Осуждённых выстроили в шеренгу спиной к траншее. Митрополит Макарий попросил, чтобы его поставили последним и не завязывали глаза. Палачи пошли ему навстречу. Священник, перебирая чётки, горячо молился за каждого, чей приговор приводили в исполнение.
Иногда он подходил к тем, кто пытался молить о пощаде, что-то шептал ему, а потом благословлял. Люди с оружием не мешали, им от этого даже спокойнее было. Финалом этой трагедии было прощение перед смертью.
"Наконец настала и его очередь. Я подошёл к нему, а самому страшно. Он увидел мои колебания и громко, чтобы все слышали, говорит: "Отец мой! Прости им, не ведают, бо, что творят. Прими дух мой с миром". Раздался приказ стрелять, и трагедия окончилась…" - вспоминал красноармеец.